شوراي پژوهشي متشكل از رئيس مركز (به عنوان رئيس شوراي پژوهشي) و شش نفر از پژوهشگران متخصص در مقولات مختلف مديريت شهري داراي حداقل مدرك كارشناسي ارشد با پيشنهاد رئيس مركز و تصويب هيات امناست. اين افراد براي مدت دو سال انتخاب ميگردند و معاون برنامهريزي و پژوهش شهرداري جهت هماهنگي بيشتر شورا و شهرداري در امر پژوهش يكي از آنان خواهد بود. دعوت از ساير متخصصان بدون حق راي بلامانع است. اهم وظايف شوراي پژوهشي عبارتند از:
1- بررسي و تصويب طرحهاي پژوهشي
2- همكاري در تدوين برنامه سالانه
3- تشكيل كميتههاي موقت تخصصي در موضوعات مختلف حسب مورد و به عنوان بازوهاي مشورتي
4- نظارت بر انتشار نشريههاي علمي و پژوهشي مركز
5- برنامهريزي براي ارتباط علم با ساير مراكز آموزشي و پژوهشي داخل و خارج شهر مشهد
اعضاي شوراي پژوهشي، عبارتند از:
1- جناب آقاي دكتر مرتضي خادمي، عضو محترم شوراي اسلامي شهر، عضو محترم هيات علمي دانشگاه فردوسي مشهد و رئيس مركز
2- جناب آقاي علي جباري آزاد، عضو محترم هيات علمي دانشگاه فردوسي مشهد و معاون محترم پژوهشي-اجرايي مركز
3- جناب آقاي دكتر سيدمجتبي موسوي بزاز، عضو محترم هيات علمي دانشگاه علوم پزشكي
4- جناب آقاي دكتر غلامرضا خواجي، عضو محترم شوراي اسلامي شهر و هيات علمي دانشگاه فردوسي مشهد
5- جناب آقاي مهندس حسن تبرئي، معاون محترم برنامه ريزي و توسعه شهردار
6- جناب آقاي مهندس محمدعلي دهقاني، مشاور محترم شهردار در امور مشاركت ها و سرمايه گذاري
7- جناب آقاي دكتر محسن نوغاني، عضو محترم هيات علمي دانشگاه فردوسي
8- جناب آقاي دكتر علي بابايي، مشاور محترم معاون برنامه ريزي و توسعه شهردار
9- جناب آقاي مهندس سيدعلي فكور يكتا، مشاور محترم مركز
10- جناب آقاي دكتر سيدمحمدجواد رزمي، عضو محترم هيات علمي دانشگاه فردوسي مشهد و مشاور محترم مركز
11- جناب آقاي دكتر محمدرحيم رهنما، عضو محترم هيات علمي دانشگاه فردوسي مشهد